Der Zöliakie liegt eine Glutenunverträglichkeit zu Grunde. Durch Einnahme von glutenhaltigem Getreide (Weizen, Roggen, Hafer, nicht aber Mais und Reis) kommt es zu einer Aktivierung des Immunsystems und in der Folge zu einem Schwund (Atrophie) der Darmzotten. Dies führt zu einer Beeinträchtigung der Nahrungsaufnahme (Malabsorption) aus dem Darm. Dieser Prozess beginnt praktisch immer im Duodenum und breitet sich mit der Zeit auf den weiteren Dünndarm aus. Die Krankheit ist genetisch bedingt mit einer Häufigkeit in Europa von durchschnittlich 1:1000 Einwohner. Sie kann sich sehr unterschiedlich manifestieren mit bereits voller Ausprägung in der Kindheit oder in nur leichter Form spät im erwachsenen Alter oder es besteht nur eine Trägerschaft der genetischen Anlage ohne je Symptome zu verursachen.

Andere Autoimmunerkrankungen der Haut, Schilddrüse etc. können mit der Zöliakie vergesellschaftet sein. Gelegentlich kommt es auch zu chronischen Leberproblemen.