Ein Endoskop ist ein länglicher Schlauch oder Stab an dessen Ende sich eine Kamera befindet. Bei Magen- Darmspiegelungen werden in der Regel flexible Endoskope genutzt, also ein Endoskop mit einem flexiblen Schlauch und Kamera.

Bei der endoskopische Untersuchung wird der Patient in der Regal narkotisiert, bzw. in einen Dämmerschlaf versetzt. Dann wird von dem Gastroenterologen das Endoskop entweder über den Mund in den Magen oder rektal in den Darm eingeführt. Der Arzt kann dann mit der Kamera, den gewünschten Bereich gezielt nach krankhaften Veränderungen absuchen. Fällt dem Arzt eine krankhafte Veränderung auf, kann er von dieser während der Untersuchung eventuell gleich eine Gewebeprobe entnehmen, die dann später im Labor untersucht wird. Bei der Laboruntersuchung kann dann unter anderem festgestellt werden ob es sich um eine gut- oder um eine bösartige Veränderung handelt. Im Rahmen von endoskopischen Untersuchungen können Veränderungen, wie beispielsweise Polypen auch komplett entfernt werden, so wird eine offene Operation vermieden. Ebenso können mit einem Endoskop Flüssigkeitsansammlungen in der Bauchspeicheldrüse entfernt werden. Nach der Endoskopie wacht der Patient sehr bald wieder auf, sollte sich aber an diesem Tag weiterhin schonen. Eine endoskopische Untersuchung ist völlig schmerzfrei und auch nach der Untersuchung verspürt der Betroffene in der Regel keine Schmerzen.

Neben der endoskopischen Untersuchung gibt es in der Gastroenterologie jedoch noch viele weitere Untersuchungsmöglichkeiten, wie beispielsweise Ultraschalluntersuchungen sowie andere bildgebende Verfahren. Häufige Erkrankungen, die in den Bereich der Gastroenterologie fallen sind unter anderen Erkrankungen der Speiseröhre und des Magens, Leberzirrhosen oder Tumore. Der Gastroenterologe behandelt darüber hinaus auch sämtliche andere Erkrankungen des Darms. Die Behandlungen können dabei mit verschiedenen Ansätzen, wie beispielsweise medikamentösen Therapien oder mittels operativen Eingriffen erfolgen.