Als Malabsorption wird die mangelhafte Aufnahme von Substraten aus dem Speisebrei bezeichnet. Die Nährstoffe und Vitamine werden über den Darm also nicht so aufgenommen, wie sie es sollten. Schuld ist hieran meist eine gestörte Transportfunktion in den Darmepithelien, sie kann aber auch auftreten, wenn die Transportstrecken zu lange sind, wie beispielsweise bei Schleimhautödemen. Eine Malabsorption kann sich mit Befindlichkeitsstörungen wie Blähungen oder Bauchschmerzen äussern. Eine schwere Malabsorption kann aber auch zu schweren Mangelerscheinungen führen, aus denen dann Anämien, Muskelschwächen und Gewichtsverluste resultieren. Gemeinhin spricht man hierbei auch von einer Lebensmittelunverträglichkeit.